Là một hệ thống phần mềm được phát triển bởi các đơn vị, nhà cung cấp được cấp phép bởi Ngân hàng nhà nước. Các cổng thanh toán điện tử về bản chất là trung gian thanh toán giữa các website bán hàng, sàn thương mại điện tử hoặc các dịch vụ trực tuyến với các ngân hàng, giúp các giao dịch của người dùng được thuận tiện, nhanh chóng.